怎么用R语言apply批量进行t.test

2023-05-17,

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批量t.test

基于R语言读取整个表格中的数据,并对每一行依次进行t.test,如果写成循环,运算速度非常慢,可以利用apply()函数辅助完成计算过程。

譬如有如下数据,共2000行6列,对A组数据和B组数据进行t.test计算:

> head(data,2)
                        A1   A2   A3   B1   B2    B3
TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71  6.11
TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45
> dim(data)
[1] 2000    6

基本函数为t.test(),并提取出返回值p.value,最终将所有p.value赋值给pvalue向量

pvalue=apply(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value)

返回结果中针对第一第二行数据的pvalue值如下:

> head(pvalue,2)
TRINITY_DN100001_c0_g1 TRINITY_DN100002_c0_g1 
             0.7165794              0.4226497

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