【环境变量】注释掉conda3，source ~/.bashrc
因为orthofinder是由python2编写的。
conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。
# 由于是刚开始搭建，这里没有给orthofinder单独一个环境空间，这一套下来，基本的基因分析软件都安装好了。
包括两两比对软件：blast，diamond。# diamond快，且宣称其方法和比对结果并不比blast逊色
包括多重比对软件：mafft，muscle。 # muscle最快，mafft最准，这两个软件在多序列比对中宣称排前二
包括建树软件：fasttree，raxml，iqtree。 # fasttree最快，raxml和iqtree较准
包括聚类软件：mcl。# orthofinder套用的聚类软件
包括其他重要的包和依赖。 # 一般生信分析都会涉及的依赖，很多都在这里了，比几年前友好多了。
如果一遍安不完所有的环境，没关系，再来一次。
如果提示更新conda版本，请按提示操作。
以上，
abyss
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