如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org)。 Oncomine整合了GEO、T...
RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧)。 普通的转录组套路并不多,差异表达基因、富集分析、WGCNA networ...
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对;2) read count计算;3) read count的归一化;4)差异表达分析; 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2)...
这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑。 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析...
使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查。本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行...
1、安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade...
1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色。 3、结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看...
每个物种都有一个对应的Taxonomy ID: 9606 :人类 10090 :小鼠 基因id的相关教程结束。
DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你...
1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppre...
【环境变量】注释掉conda3,source ~/.bashrc 因为orthofinder是由python2编写的。 conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。 # 由于是刚开始搭建,这里没有给orthofinder单独一...
LeeCode 433 最小基因变化 题目描述: 基因序列可以表示为一条由 8 个字符组成的字符串,其中每个字符都是 'A'、'C'、'G' 和 'T' 之一。 假设我们需要调查从基因序列 start 变为 end 所发生的基因变化。一次基因...
欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天给大家带来“批量计算kaks值”的技能。 关于kaks的背景知识我就不介绍了,感兴趣的自行搜索,这里直接开始讲怎么批量计算kaks值。 1 文件准备 首先准备两个文件,一个是...