本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号。
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一 R资料+计划
R语言精品资料年中无套路赠送
R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划
二 Bioinfo
R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及图标展示;
Bioinfo|bedtools-操作VCF文件 VCF文件的常见合并,过滤等操作;
R|生存分析(1) :生存分析介绍以及R实现,KM绘图;
R|生存分析-结果整理 :一键式输出所有变量的COX结果;
R|timeROC-分析 :时间依赖的生存分析;
Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化
Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化
R-forestplot包| HR结果绘制森林图
maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化
maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)
ggalluvial|炫酷桑基图(Sankey),你也可以秀
pheatmap|暴雨暂歇,“热图”来袭!!!
ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来
R|clusterProfiler-富集分析
ggplot2| 绘制KEGG气泡图
ggplot2|绘制GO富集柱形图
ggplot2|从0开始绘制PCA图
Bio|manhattan图
三 base + ggplot2
R|绘图边距及布局
R-基本绘图参数(Ⅰ)
ggplot2|详解八大基本绘图要素
ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”
ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢
ggplot2|从0开始绘制直方图
ggplot2|从0开始绘制折线图
ggplot2|从0开始绘制箱线图
绘图系列|R-corrplot相关图
绘图系列|R-wordcloud2包绘制词云
绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图
ggplot2|发散性“正负”图
R|UpSet-集合可视化
ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并
ggplot2|扩展包从0开始绘制雷达图
R|plotly
四 数据分析
R|批量循环处理同一格式文件-csv,txt,excel
R In Action |基本数据管理
数据分析|R-缺失值处理
数据分析|R-异常值处理
数据分析|R-描述性统计
小数据| 描述性统计(Python/R 实现)
数据挖掘|R-相关性分析及检验
数据处理 | R-tidyr包
数据处理|R-dplyr
R|apply,tapply
数据处理|数据框重铸
R|ML_code-入门(1)
R|ML_code-线性回归(2)
R|机器学习入门-多元线性回归(3)
五 其他
1,年中定一个小计划,三个系列继续随着学习更新;
2,Python 数据处理和生信应用示例系列;
3,机器学习基础算法应用生信分析实例(R & Python);
目标不变,希望能比较持续,系统的学习,输出带动输入!
对了,部分文末有代码或者数据的获取方式,看到后按提示回复即可!
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